La Junta de Gobierno está formada por los miembros del Rectorado, el director general de la Clínica y los directores y decanos de los principales centros académicos. Se reúne al menos una vez al trimestre y, además de sus competencias estatutarias, sirve como ámbito para compartir experiencias y deliberar sobre las principales líneas estratégicas de gobierno.
Está formado por:
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Rectora: María Iraburu Elizalde
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Vicerrector de Profesorado: Pablo Sánchez-Ostiz Gutiérrez
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Vicerrectora de Investigación y Sostenibilidad: Paloma Grau Gumbau
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Vicerrector de Ordenación Académica: Secundino Fernández González
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Vicerrectora de Estudiantes y Relaciones Internacionales: Rosalía Baena Molina
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Vicerrector de Desarrollo y proyectos: Gonzalo Robles González
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Vicerrectora de Comunicación: Mónica Herrero Subías
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Secretario General: Jesús Mª Ezponda Iradier
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Administrador General: Igor Errasti Alcalá
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Gerente: Álvaro Balibrea Cárceles
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Decana de la Facultad de Derecho: Mercedes Galán Lorda
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Decana de la Facultad de Medicina: Marta Ferrer Puga
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Decana de la Facultad de Filosofía. y Letras: Julia Pavón Benito
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Decana de la Facultad de Comunicación: Charo Sádaba Chalezquer
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Decano de la Facultad de Ciencias: Alberto Pérez Mediavilla
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Decana de la Facultad de Enfermería: Ana Choperena Armendáriz
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Decano de la Facultad de Derecho Canónico: Joaquín Sedano Rueda
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Decana de la Facultad de Farmacia y Nutrición: María Javier Ramírez Gil
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Decano de la Facultad de Teología: Gregorio Guitián Crespo
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Decano de la Facultad de Ciencias Económicas: Antonio Moreno Ibáñez
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Decana de la Facultad de Educación y Psicología: Carolina Ugarte Artal
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Decano de la Facultad Eclesiástica de Filosofía: Santiago Collado González
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Director de la Escuela de Ingeniería: Raúl Antón Remírez
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Director de la Escuela de Arquitectura: Carlos Naya Villaverde
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Director del IESE: Franz Heukamp
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Director General de la Clínica Universidad de Navarra: Joseba Campos
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Directora de ISSA School of Applied Management: Victoria Rodríguez Chacón
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Capellán Mayor de la Universidad: Eduardo Terrasa Messuti
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Delegada de la Universidad: Marta Olaizola
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Subdelegada de la Universidad: Almudena Uclés