La Universidad ha promovido las siguientes sociedades para procurar una gestión eficiente, sin ánimo de lucro, de algunas tareas relacionadas con la docencia y la investigación.

• Fundación Empresa Universidad de Navarra (FEUN)

• Fundación para la Investigación Médica Aplicada (FIMA)

• Asociación Centro Tecnológico CEIT IK4

• Asociación de Amigos Universidad de Navarra (ADA)

• Fundación Amigos de la Universidad de Navarra FADA

• Fundación Foral Amigos de la Universidad de Navarra FFADA

• Fundación IESE (FIESE)

• Fundación Internacional IESE (FII)

• Fundación Internacional para el Desarrollo Educativo (FIDE)