Alejandro Llano sucedió al profesor Alfonso Nieto como rector en 1991.

En la primera apertura de curso que presidió, se entregó la Medalla de Oro de la Universidad al catedrático de Fisiología Animal Francisco Ponz, tercer rector de la Universidad entre 1966 y 1979; a Carmen López, que, como directora, formó parte del primer equipo de dirección de Enfermería de la Clínica Universidad de Navarra; y a Amadeo de Fuenmayor, catedrático de Derecho Eclesiástico del Estado, decano de la Facultad de Derecho Canónico entre 1968 y 1987.

Ese curso se inauguró el edificio de Derecho y el campus del IESE en Madrid; además del nuevo oratorio de la Clínica.

Setenta y un alumnos iniciaron las enseñanzas de Arquitectura Técnica.

Pero lo que sin duda, marcó este curso fue la beatificación del fundador de la Universidad, Josemaría Escrivá. Para preparar el histórico y alegre acontecimiento, en los meses anteriores al 17 de mayo (fecha de la beatificación), por iniciativa de la Dirección de Estudios, de los distintos Centros y de los Colegios Mayores, se organizaron abundantes mesas redondas, conferencias, coloquios... sobre la figura y enseñanzas del Fundador del Opus Dei. El 26 de junio, aniversario del 'dies natalis' del Beato Josemaría Escrivá, hubo un acto académico en su homenaje. Intervinieron los Profs. Carmen Castillo, Jesús Honorato, Leonardo Polo, Francisco Ponz, Pedro Rodríguez y el rector Alejandro Llano.

La Universidad cumplió 40 años.

A la vista del volumen y de la magnitud que han alcanzado los diversos aspectos de la vida de la Universidad, la Junta de Gobierno decidió el curso pasado comenzar la elaboración de un plan a medio y largo plazo en el que se reflejen de manera global y coordinada las previsiones y posibles actuaciones en los ámbitos académicos y económicos, con el fin de mejorar la gestión y alcanzar más eficazmente los fines de la Universidad. En este sentido, la Comisión Permanente mantuvo sesiones de trabajo periódicas con los Decanos y Directores, para conseguir una comunicación más fluida y eficaz entre los diversos niveles de gobierno, al tiempo que se intentaba facilitar el trabajo en equipo, unificar criterios y potenciar la cooperación interfacultativa.

Dado que la Universidad contaba ya con más de 30.000 graduados, se creó la Agrupación de Graduados, para mantener una relación permanente con ellos y fomentar su colaboración en las tareas universitarias de información y de dotación de becas.

Comenzaron a impartirse los nuevos planes de estudios de las licenciaturas en Derecho, Filosofía, Periodismo, Comunicación Audiovisual (de nueva implantación), Economía, y Administración y Dirección de Empresas.

Alejandro Llano presidió por primera vez, como rector, un acto de investidura de doctores 'honoris causa'. En enero de 1994, recibieron la distinción Francesco Cossiga, Rafael Frübeck de Burgos, Robert Spaemann, Manuel Elices, Leo Scheffczyk, Jorge Carreras y Tadeus Styczen.

En marzo, el fallecimiento del Gran Canciller, D. Álvaro del Portillo se convirtió en el acontecimiento más relevante en la vida universitaria del curso 1993-94.

El 21 de abril el papa Juan Pablo II confirmó el nombramiento de D. Javier Echevarría como Prelado del Opus Dei, a quien, de acuerdo con las disposiciones estatutarias, le correspondía el cargo de Gran Canciller de la Universidad.

Una de las medidas prácticas adoptadas ese curso fue la puesta en funcionamiento un nuevo plan de acción para promover y gestionar la investigación en los Centros de Pamplona. El Plan de Investigación de la Universidad de Navarra (PIUNA) pretendía elevar significativamente la actividad científica a base de estimular el protagonismo responsable de los Departamentos y fomentar los estudios en determinadas áreas consideradas de interés preferente.

Además, continuaron los trabajos de reorganización de las enseñanzas, de acuerdo con las directrices generales establecidas por el Ministerio de Educación y Ciencia. En el año académico 1993/94 comenzaron los nuevos planes de estudios de las licenciaturas en Filología Hispánica, Historia, Medicina, Farmacia y Biología; de Ingeniería Industrial, y de la diplomatura en Enfermería.

En el curso 1994-95 comenzaron los nuevos planes de estudios de las licenciaturas en Humanidades, Pedagogía, y Publicidad y Relaciones Públicas.

Se inauguró el colegio mayor Mendaur.

En 1995 la Universidad concedió la Medalla de Oro al doctor José Cañadel, director general de la Clínica Universidad de Navarra durante 15 años (1969-1984) y su director médico durante 5 años más (hasta 1989); al profesor Félix Álvarez de la Vega, primer decano de la Facultad de Farmacia; y a Joaquín Casellas, primer director de Tecnun, entre 1962 y 1978, y vicerrector del campus de San Sebastián. También se entregó ese año la Medalla de Oro, a título póstumo, a Jesús Vázquez, que se había incorporado a la Universidad en 1960 y fue decano de las facultades de Ciencias y Medicina, y director del departamento de Anatomía Patológica de la Clínica Universidad de Navarra.

En el curso 1995-96 comenzaron los nuevos planes de estudios de las licenciaturas en Química y Bioquímica.

Se inauguró el edificio de Ciencias Sociales (hoy, de la Facultad de Comunicación) y los que completaron la Escuela de Ingeniería de San Sebastián.

Avanzaron también las obras de la cuarta fase de la Clínica Universitaria, dedicada fundamentalmente a consultas, y que estaba previsto que comenzase a funcionar a primeros de 1997.

El ritmo constructor en el campus no se detuvo ese curso: estaban en marcha un edificio de aulas y laboratorios en la zona de Ciencias, otro para biblioteca de humanidades y ciencias sociales, y el aumento del número de pistas deportivas.