El padre jesuita Georg Schurhammer, infatigable biógrafo de san Francisco Javier, elaboró una larga relación de instituciones, ciudades, reinos y países que tenían como patrono al santo navarro. El listado es el siguiente: Naciones: Australia, Canadá, India Portuguesa, Reinos de Navarra y Nápoles, cantón de Lucerna y provincia de Nueva Vizcaya en México; diócesis: Amalfi, Eichstätt y Sevilla; ciudades y villas: Ajaccio (1672), Alejandría (1676), Amalfi (1630), Ancona (1648), Aquila (1657), Ascoli Piceno (1677), Avellino (1630), Bahía (1686), Bari (1622), Baçaim (1631), Bastia (1665), Campochiaro (1656), Capaccio (1630), Cavriana (1634), Casacalenda (1728), Castellammare di Stabbia (1661), Chieti, Città di Castello, Civitavecchia, Cremona (1670), Eichstätt (1704), Fermo (1689), Foligno, Forli (1634), Gaillac (1697), Génova (1684), Glatz (1680), Goa (1640), Graz, Graupen, Guatemala (1648), Hito (1722), Kottâr, Lungro, Luzern (1654), Macau (1622), Macerata (1656), Manar (1624), Manila (1653), Malaca, Massaguano, Messina (1630), México (1660), Milano, Mindelheim (1659), Modena, Mondoví (1658), Montepeloso -Irsina- (1729), Napoli (1656), Nizza (1631), Nola (1656), Novara, Oberburg -Gorne Grad-, Ofen (1767), Pamplona (1624), Parma (1657), Piacenza (1669), Perugia (1630), Ponta Delgada (1658), Potamo (1652), Ragusa (1667), Recanati (1675), Reggio Calabria (1631), Sao Miguel -Açores- (1633), Sanremo (1649), Sant´Agata dei Goti (1630), Sarno (1629), Savona (1687), Scurcola Marsicana, Setúbal, Sorrento, Sulmona (1699), Taverna (1672), Torino (1667), Trani (1656) y Trieste (1667). 

Este elenco resulta impresionante, habla per se de la proyección de su figura y modelo de santidad en plena Contrarreforma.  A ese listado se pueden agregar otras localidades, como Puebla de los Ángeles en México (1665), Cádiz (1706) y Puerto de Santa María (1680).

No fueron pocos los jesuitas que proponían a san Francisco Javier como patrono y protector, al iniciar sus misiones por pueblos y ciudades, con los consabidos sermones y ejercicios de piedad y penitencia. Ello nos explica, en parte, la gran cantidad de sus imágenes y su popularidad. 

Al respecto, podemos recordar lo que el padre Tirso González, futuro prepósito general de la Compañía, practicó en sus misiones a partir de 1665. Sus métodos no diferirían mucho con los que utilizaban otros famosos misioneros jesuitas, como los padres López, Dutari o Calatayud, estos dos últimos naturales de Pamplona y Tafalla, respectivamente. Todos aquellos responsables de las misiones daban cuenta de los resultados de su actividad apostólica, haciendo recuento de todo lo conseguido: enemigos reconciliados, congregaciones o cofradías fundadas, sacramentos administrados… etc. Con gran frecuencia, encontramos, entre los frutos de la misión, el encargo confiado al clero, a un concreto devoto, a una parroquia, a una familia con posibles, o al propio ayuntamiento de una localidad en aras a fabricar un altar dedicado a san Ignacio y/o san Francisco Javier. Gran parte de las esculturas y lienzos que se conservan en otras tantas localidades, así como diversas cofradías erigidas en honor de Javier, tienen su origen en las populares misiones de los siglos XVII y XVIII.

Los estudios sobre iconografía del santo navarro experimentaron un gran desarrollo con motivo del V centenario de su nacimiento, en 2006, destacando los de Torres Olleta, Rodríguez Gutiérrez de Ceballos, Cuadriello, García Gutiérrez o Cristina Oswald. 

Sus imágenes corrieron parejas con la Contrarreforma, en unos momentos en que se exigían también nuevos modelos de santidad, en sintonía con una Iglesia misionera y defensora de las buenas obras, como válidas para obtener la salvación eterna. La “construcción” y difusión de su imagen estuvo relacionada con sus facetas de taumaturgo, misionero, protagonista de éxtasis y visiones. Entre las causas de su abundante iconografía figuraron sus milagros, en pleno desarrollo del Barroco triunfante, el de los éxtasis, las apoteosis, glorias y grandes penitentes, el siglo de Bernini y de Rubens. Fueron tiempos en los que la presencia de lo sobrenatural se hizo especialmente patente, momentos en los que parecía medirse la santidad por las experiencias celestiales vividas, en el contexto de una sociedad cautivada por el maravillosismo.

En la lucha por la tradición apostólica y la santidad, que los protestantes negaban a los católicos, el milagro constituyó una cuestión clave, ya que con ello se demostraba que el Dios de todos los tiempos otorgaba su respaldo a los católicos, manifestándolo con milagros. La consecuencia era clara: el santo debía ser taumaturgo, no bastaba que Roma presentase a Dios bienaventurados de grandes méritos y santidad vivida, sino que Dios los ofreciera a Roma. El signo del beneplácito divino era el milagro, una señal que no dejaba duda alguna.  

Todos los testimonios iconográficos, al igual que los literarios, acaban por situarnos ante un santo barroquizado, en sintonía con lo desaforado, sensual y teatralista. Teófanes Egido recuerda cómo la vida de los santos no finalizaba con su muerte, ya que, después de dejar el mundo terrenal, se iniciaba otra etapa, decisiva en su historiografía: la de fabricación y recepción de su figura transfigurada. 

Del mismo modo que en el teatro del momento, a la hora de representar sus prodigios, se utilizaban las tramoyas para hacer posible la comunión entre el cielo y la tierra, los artistas nos muestran en sus obras esa fusión de lo natural con lo sobrenatural, llegando a presentarnos el caelum in terris, tan buscado y querido por los grandes maestros del Barroco.

Grandes pintores y escultores de los siglos XVII y XVIII representaron a Javier como peregrino, misionero, o en escenas de su vida y obrando milagros. Rubens, Murillo, Zurbarán, Gregorio Fernández, Matteis, Poussin, Maratta, Juan de Mesa, Luis Salvador Carmona, Juan Correa, Gaulli, Lucas Jordán, Reni, Pozzo y un largo etcétera dejaron excepcionales ejemplos.

Entre las causas de la riqueza iconográfica hay que señalar, asimismo, como hizo notar C. Oswald, el hecho de que san Francisco Javier, desempeñó, en la Europa del Humanismo, un papel de intermediario entre el “Viejo Mundo” y el “Nuevo Mundo”, en lo que se refiere a ciencias, culturas y religiones, cometido que se revela como determinante para comprender la veneración de que sigue siendo objeto, bajo el apelativo de “Padre Santo”, por parte de cristianos, hindúes y musulmanes.

El periplo marítimo de san Francisco Javier y su especial protección en la navegación por tierras de Oriente hizo que los que se hacían a la mar le invocasen, cuando las aguas de los océanos presentaban circunstancias adversas. En 1748, Benedicto XIV lo proclamó patrono de Oriente.

Baste recordar algunos de sus milagros en tal sentido, tanto los referidos a la conversión del agua salada del mar en agua dulce para que los ocupantes de las embarcaciones no muriesen, como aquellos que recordaban sus viajes o la salvación en medio de grandes tempestades y persecuciones por piratas y enemigos. Buen ejemplo de su patronato sobre navegantes es el preámbulo de las constituciones de los pilotos de Canet de Mar, fundada en 1796.

Como abogado de la buena muerte, recreando sus últimos instantes de vida, aparece en algunas estampas y pinturas, como un lienzo de 1759 del Museo de Tepotzotlán de México, en el que se le representa en aquel pasaje, junto a la muerte de san José, el abogado, por antonomasia, en tal trance y patrono, además, de los hijos de san Ignacio. 

Algunas localidades como Sangüesa o La Guàrdia dels Prats en Cataluña, le tributaron especiales cultos, por la protección que el santo les otorgó en épocas en las que la temible plaga de la langosta asolaba sus campos. 

A Javier también se le invocaba a la hora de tomar estado. Entre los grabados más interesantes en tal sentido destaca uno de Jacob Andreas Friedrich, que ilustra la obra del jesuita André Eschenbrender (1676-1739), dedicada a san Francisco Javier y titulada Instructio pro eligendo vitae, en su edición de Colonia de 1733. 

Como obrador de mil prodigios, lo proponen numerosos cuadros y grabados. Entre las destacadas obras de arte universal figura el lienzo de los milagros de san Francisco Javier de Rubens, procedente de la iglesia de la Compañía de Jesús de Amberes, que se exhibe actualmente en el Kunsthistoriches Museum de Viena. El famoso pintor estuvo ocupado, entre 1617 y 1621, en la decoración de la nueva iglesia dedicada a san Ignacio que acababan de levantar los jesuitas en Amberes. Esa composición serviría de base para la ejecución de otras alusivas a los milagros del santo en la ciudad de Malinas. Los prodigios acaecidos en esta última ciudad fueron narrados por el padre Gerardo Grumsel (1613-1678) en una obra editada en 1666.

El padre Francisco García, en su difundida biografía del santo (Madrid, 1672), al tratar de sus portentosos milagros, escribe: "¿Qué diré de las pestes que ha apagado en diversas ciudades en uno y otro mundo, purificando el aire de las muertes que amenazaban a sus ciudadanos, los cuales le eligieron por Patrón, para que estando debajo de su protección, los respetase el contagio, y Dios no los castigase viéndolos patrocinados de san Francisco Xavier?"

Entre las composiciones más afortunadas de esta protección contra la peste sobre otras tantas ciudades se encuentra una pintura de Ciro Ferri que fue grabada y difundida, en Flandes, Italia, España y Nueva España. Entre sus copias destacaremos el lienzo del flamenco Godefrido de Maes para una serie sobre el santo (1692), destinada a la santa capilla del castillo de Javier, así como la pintura de Miguel Cabrera (1764) del Museo de Tepotzotlán (México).

Entre las ciudades que lo acogieron por patrono o copatrono, por su intercesión para librarlas de la peste, figuran Nápoles (1657), Brujas (1666), Aquila (1656), Malaca, Macerata (1658), Manar, Parma (1656), Bolonia (1630) y Durango en Nueva España (1668), entre otras.