Entre el 4 y 12 de marzo se celebra, desde el siglo XVII, la Novena de la Gracia, para conmemorar la fecha de canonización de san Francisco Javier. Su origen radica en la curación, en 1634, del jesuita Marcelo Mastrilli, que estuvo a las puertas de la muerte y fue sanado por intercesión del santo navarro. Poco más tarde, otro prodigio obrado en el padre Alejandro Philippuci, en 1658, disparó la popularidad de la novena. Se propagó, rápidamente, en los colegios de la Compañía: Malinas (1661), Segorbe (1670), Barcelona (1671), Valencia (1672), Mallorca (1674), Calatayud y Madrid (1676).  Aquella práctica devocional, junto a los sermones y el teatro, constituyeron importantes medios para la difusión de la epopeya javeriana.

La fecha concreta de su introducción en Pamplona no la conocemos. Seguramente, se hizo a partir de 1657. Para 1682 era una función ya implantada y se publicó su texto en la imprenta pamplonesa de los Herederos de Labayen. A lo largo de la última década del siglo XVII, se documentan limosnas para su solemnización, destacando las de don Mateo de Galdeano, emparentado con la casa Galdeano de Peralta, en la que se custodiaba una reliquia del santo. En 1692, los gastos de la misa y el villancico (canto en lengua vernácula) del primer día, el canto de los gozos y villancicos diarios, más la composición musical de la letanía del santo importaron 363 reales. En 1693, la música se concentró en el primer día, en tanto que el resto de los días tocó un arpista de nombre Gregorio, interpretando los gozos y las letanías. En 1694, el organista de San Cernin puso en solfa los villancicos y tañó el arpa. En 1713 la novena quedó reforzada, mediante una fundación dotada con 600 ducados que hizo don Francisco Antonio de Galdeano, señor de Pozuelo y de los palacios de Sagüés e Iza.

La capilla de música de la catedral de Pamplona intervino en algunas ocasiones. Las peticiones de los jesuitas para que el conjunto actuase gratuitamente dieron lugar a diferencias que, en algún momento, solventó el prior de la catedral, don Fermín de Lubián, aunque los roces continuaron hasta la redacción de un acuerdo suscrito en 1764 por el rector del colegio y el prior de la seo.

La novena alcanzó gran popularidad en Navarra, en parte porque su celebración fue auspiciada por las más altas instancias del Reino. La Diputación, en 1782, siguiendo un mandato de las Cortes, dispuso su celebración en la parroquia de San Saturnino por la mañana y por la tarde, con la participación del conjunto instrumental y de voces de la capilla de música de la catedral, que interpretaría los gozos diariamente.

La Diputación se esforzó por conseguir unas gracias espirituales para los asistentes. En 1803 se distribuyeron unos carteles impresos con la indulgencia plenaria concedida a quienes visitasen las iglesias parroquiales en los días del novenario. En 1922 el obispo de Pamplona la declaró de celebración obligatoria en todas las parroquias de la diócesis, advirtiendo que hasta entonces se realizaba por costumbre.

El texto más difundido para el ejercicio de la novena en Navarra y en otros lugares de España e Iberoamérica fue del jesuita Francisco García, autor de una de las biografías del santo. Se conocen ediciones de la novena de García, impresas en Pamplona en 1700, 1721, 1744, 1767, 1847, 1865, 1876 y otras muchas sin año.

Al finalizar el ejercicio se cantaban los gozos, que tuvieron gran difusión. De una parte, constituían una forma sencilla de enseñar al pueblo su vida y obra. De otra, al ser cantados, bien con pequeña orquesta de cámara, con órgano, o simplemente con las voces, se convertían en la parte que más expectación despertaba entre los asistentes. Sirvan como testimonio de esto último lo que señalan las reglas de la cofradía de Sangüesa, fundada en 1742, en donde leemos: “al tiempo de los gozos arderán seis velas en la mesa altar, cuatro en Nuestra Señora y dos en el santo”.

Con evidente fin didáctico para un pueblo que no sabía leer ni escribir, sus versos cantan sus hazañas prodigiosas, milagros y profecías …etc. El estribillo reza: “Pues sois en todo portento / apóstol tan soberano / Dadnos oh Javier la mano / para imitar vuestro aliento”.

La primera estrofa dice: “Ser noble Navarra os dio / catedrático París/ soldado a Ignacio seguís / cuando el cielo os reformó/ despreciáis el valimiento/ y todo el aplauso humano”. Muchos fieles de allende nuestras fronteras, oirían el topónimo Navarra en aquella singular ocasión, convirtiéndose el santo en algo que se filiaba con el Reino de Navarra. Inmediatamente, se le intitula como noble. Nobleza y santidad son dos conceptos que se manejan hábilmente en toda su hagiografía del Antiguo Régimen. El paso por París, su conversión y captación por san Ignacio se narran en los versos segundo, tercero y cuarto, denominándole soldado de aquella Compañía de Jesús, utilizando términos de contenido militar, muy al uso en todo el lenguaje ignaciano de aquellos momentos. Los versos quinto y sexto nos lo presentan como desasido de toda apetencia terrenal. El resto de las coplas, hasta la novena, glosan sus prodigios, ponderando su protección contra la peste.

Conocemos algunas adaptaciones musicales. De lo que hemos podido escuchar se infiere que, en muchas ocasiones, eran adaptaciones de las novenas de otros santos. En cualquier caso, su variedad es relevante, pues en nada se parecen las dinámicas melodías decimonónicas de algunos pueblos de la Ribera con las que hemos recogido en la Cuenca de Pamplona, que se asemejan a las características del canto llano. El archivo de música de la catedral de Pamplona conserva, entre otras partituras dedicadas al santo, los Gozos de Julián Prieto (1765-1844), fechados en 1806.