El primer templo diocesano pamplonés vio reformar su mobiliario con fuerza desde comienzos del siglo XIX, recogiendo las recomendaciones de los hombres del academicismo, en aras a sustituir los retablos barrocos por otros de corte clásico. La intervención de la posguerra fue otro momento destacado en la salida de retablos de su interior. 

El retablo mayor, tardogótico, se enajenó cuando el obispo Zapata emprendió la construcción de uno nuevo y a la moda de la estética escurialense, en 1596. El viejo, con siete tablas pintadas, había sido costeado en los inicios del siglo XVI, por la reina doña Catalina, se trasladó a la parroquia de Echalar en 1599. De las labores de conducción y montaje se encargó el pintor Miguel de Salazar, por lo que debía cobrar la importante suma de 200 ducados. El incumplimiento de los pagos motivó un pleito con el mayordomo de la primicia de aquella localidad del Valle de Larráun. El coste del traslado se estimó en 22 ducados, por lo que sospechamos que el pintor añadiría algunas tablas, o bien la adaptación exigiría numerosos trabajos. Para agrandar las dimensiones del retablo se le añadió un cuerpo por Juan de Angulo. A la pieza se le perdió la pista definitivamente cuando se hizo el retablo mayor de corte académico (1785-1787).

Con destino a Muguiro salió otro retablo de la catedral, concretamente el dedicado a san Blas, en 1848. El nuevo retablo del santo en Pamplona, diseñado en Madrid albergó un lienzo de Buenaventura Salesa, que se conserva en la catedral, si bien el retablo se trasladó a la parroquia de San Juan Bautista de Burlada mediado el siglo XX. 

El retablo renacentista se conserva en Muguiro. Es una sobresaliente pieza de resonancias aragonesas y exquisita y finísima talla de grutescos y láureas, con un diseño en el que se superponen óculos a las hornacinas de clara inspiración florentina. Su cronología hay que situarla en torno a 1530, en paralelo a la ejecución de la sillería coral, aunque su calidad es sensiblemente superior. El patronato de la capilla de san Blas en la catedral perteneció a los Caparroso y, posteriormente, a los condes de la Rosa.

El tercer retablo que salió de los muros catedralicios fue el mayor, a consecuencia de la intervención de la posguerra (1940-1946) y contra el criterio de los técnicos. Tras estar desmontado algunos años y haberse desechado su venta para la catedral de Calahorra o la parroquia de la Asunción de Cascante, fue adquirido por la Diputación Foral y se destinó a la parroquia de San Miguel de Pamplona en donde se montó, sin el basamento de jaspe que contenía una interesantísima inscripción en la que  se daba cuenta de la munificencia del obispo Antonio Zapata, no sólo como mecenas de la obra, sino como mentor de todo su programa iconográfico.

Otros dos retablos, en este caso, barrocos de sendas capillas catedralicias, también se trasladaron a distintos lugares. Las directrices que propuso al cabildo Santos Ángel de Ochandátegui, al finalizar las obras de la fachada, para hermosear el templo, en 1800, con inspiración claramente jansenista, contemplaba la eliminación de los retablos, con estas palabras: “Se supone  que forzosamente se han de quitar los retablos de talla muy grosera que tienen las capillas y que se deben ejecutar otros de arquitectura noble y sencilla, compuesta de dos columnas y remate proporcionado, con marco para un  cuadro de pintura o un nicho para estatua, o bien alternando de uno y otro, imitando la obra de mármoles y bronces, cuando no pueda construirse de estas materias”.

El retablo de San Martín, obra del tudelano José de San Juan y Martín (1699-1700), se encuentra desde 1805 en la parroquia de Yaben presidiendo su capilla mayor.

El que presidió la capilla de la Santísima Trinidad, patronato de los condestables de Navarra y obra de Pedro Soravilla (1713), preside desde 1805 la parroquia de Errazquin, a donde fue trasladado por iniciativa de su abad, don Juan Bautista Artola.

Con el paso del tiempo, no corrieron mejor suerte los retablos de corte clásico, realizados a comienzos del siglo XIX, para sustituir a los barrocos. En el verano de 1804 se delegó en el canónigo Joaquín María Pitillas la elección del escultor que los realizaría. El pintor favorito en aquellos años, Buenaventura Salesa, realizó los lienzos de los retablos de san Blas, san Vicente y santa Cristina que, en parte, han sobrevivido, al igual que algunos titulares en escultura. Los retablos corrieron peor suerte, salvo el de san Blas, que como hemos hecho notar, se trasladó a Burlada. De los de san Juan Evangelista y san Martín, únicamente se conservan fotografías.