La Facultad nació en octubre de 1958, con un Curso Selectivo que comprendía las disciplinas de Matemáticas, Física, Química, Geología y Biología.

Los primeros alumnos del Curso Selectivo fueron 64. Compartían sede con las facultades de Medicina y Enfermería en la primera fase de la Escuela Nueva (parte del actual Edificio de Investigación), inaugurada aquel mismo curso.

Tras Álvaro del Amo, que fue el primer decano de la Facultad entre 1958 y 1964, ocuparon el cargo Julio Rodríguez, catedrático de Cristalografía y Mineralogía (1964-1969) y José González Ibeas, catedrático de Física Industrial (1969-1971).

Dado que la Universidad disponía ya de varios departamentos trabajando en distintas ramas de la Biología, se propuso poner en marcha la licenciatura (solo se impartía en Madrid y Barcelona). El reconocimiento de los estudios llegó en 1964.

Los 15 alumnos de la primera promoción compartían aulas y laboratorios con los estudiantes de Medicina, Enfermería y Farmacia, en las cuatro plantas de la “Escuela Nueva” y en las dos del contiguo Edificio de Los Castaños.

Desde el primer curso la Facultad creó 3 itinerarios dentro de la Licenciatura: Biología Fundamental, Biología Animal y Biología Vegetal, que se diferenciaban en algunas asignaturas de los dos últimos cursos.

El último mes del curso se dedicaba a las salidas al campo: excursiones a lugares diversos, para observar 'in situ' el paisaje, la geografía, los suelos, la vegetación y la fauna. Además, recogían material para después estudiarlo en los laboratorios.

En 1966 comenzaron las clases de Ciencias Físicas. La primera promoción, compuesta de 9 estudiantes, se licenció en el curso 69-70. En los años siguientes el número de graduados creció. También el de los profesores de esa sección de Físicas.

Las clases se impartían en la sede de la Universidad en San Sebastián, situada entonces en la calle Urdaneta; y luego, en Ibaeta. Compartían instalaciones con Tecnun, en la que, finalmente, se integraron a finales de los años 70.

Rafael Jordana defendió en 1968 la primera tesis en la Facultad (Biología). En Químicas, lo hizo Mª Josefina Renedo (1972); en Geológicas, Ignacio Sánchez-Carpintero (1972); en Físicas, Emilio Díaz Calavia (1977); y en Matemáticas, Santiago Tejero (1990).

En 1970 se terminó la construcción del edificio de Ciencias (conocido como el "Hexágono"), obra de Carlos Sobrini. Se amplió así el número de aulas y laboratorios para uso de las cuatro facultades: Ciencias, Medicina, Enfermería y Farmacia.

En 1971 fue nombrado decano de la Facultad Jesús Vázquez, catedrático de Citología e Histología. Lo fue durante diez años, hasta 1981, cuando le sustituyó el profesor Rafael Jordana, catedrático de "Fisiología Animal" y "Zoología Aplicada".

En 1974, el profesor Rafael Jordana, vicedecano entonces de la Facultad, se hizo cargo del departamento de Zoología y puso las bases para la creación el Museo de Zoología, erigido por el rector en 1980. Fue su director hasta su jubilación en 2011.

El Museo incorporó en 1990 las colecciones donadas a la Universidad por el Colegio Nuestra Señora del Buen Consejo de Lecároz. Posteriormente, juntamente con el Herbario de Botánica y diversas donaciones en el Museo de Ciencias.

En 1989, la Facultad puso en marcha dos nuevas titulaciones dentro del Instituto Universitario de Ciencias Aplicadas: "Química Aplicada" (en sustitución de Ayudantes Técnicos de Laboratorio, que dirigía el Dr. Valdés) y "Dietética y Alimentación Humana".

En 1990 Pilar Sesma fue nombrada decana de la Facultad. Lo fue durante 15 años, hasta 2005. Fue la primera antigua alumna de la Facultad en ocupar el cargo.

Había obtenido la cátedra en 1983.

En 2016 recibió la Medalla de Oro de la Universidad.

En estos años se puso en marcha el Instituto de Física, que albergaba el departamento de Física y Matemáticas; y el Ministerio aprobó los estudios de doctorado en Físicas.

Héctor Mancini fue uno de sus impulsores y su director de 1996 a 2010.

En 1992 se constituyó el IBA (Instituto de Biología Aplicada), para dar cobertura a la investigación orientada a la industria, en la que participaban todos los departamentos. Fue sustituido por lo que ahora se llama Servicio de Gestión de la Investigación.

En 1995, "Nutrición Humana y Dietética" se transformó en Licenciatura. Obtuvo la oficialidad en 1998 (fuimos la primera universidad española en hacerlo). En el curso 2005-06, la titulación fue adscrita a la Facultad de Farmacia.

En 1995 se convirtieron en Licenciatura los estudios de Química. Para impartir el segundo ciclo de la carrera eran necesarios nuevos laboratorios que se construyeron en el edificio de ampliación de la biblioteca de Ciencias.

Ese mismo año comenzó también la licenciatura de segundo ciclo de Bioquímica.

En 1998 se inauguró el Museo de Ciencias, que incluye varias colecciones de minerales y fósiles y los fondos del Herbario de Botánica y del Museo de Zoología, que en 1990 había incorporado las colecciones donadas a la Universidad por el Colegio Nuestra Señora del Buen Consejo de Lecároz.

Hoy el Museo se exhibe en vitrinas distribuidas por las cinco plantas del Hexágono, hasta que cuente con su propia sede en el nuevo Centro BIOMA.

En 2001 se creó el grupo de Voluntarios Ambientales por iniciativa de un grupo de estudiantes de la Facultad de Ciencias unidos por el interés en la conservación del medio ambiente. A comienzos del curso 2009-2010, el grupo recibió un nuevo impulso.

En 2004 se inauguró el Cima Universidad de Navarra. La participación y contribución de la Facultad, especialmente en las áreas de Biología y Bioquímica, fue decisiva. Y sigue siéndolo: un porcentaje muy alto de nuestros antiguos alumnos trabaja en sus investigaciones.

Además, muchos de los investigadores del Cima dan clase en la Facultad.

En 2005 fue nombrado decano Ignacio López-Goñi. Había cursado la Licenciatura en Biología en la Facultad y había obtenido el Premio Extraordinario de Doctorado en 1989. Tras varias estancias posdoctorales en EE.UU., se había incorporado como profesor en el departamento de Microbiología y Parasitología en 1992.

En 2009 obtuvo la acreditación como catedrático de Microbiología.

Actualmente es el director del Museo de Ciencias Universidad de Navarra.

En 2005 se fundó el Laboratorio Integrado de Calidad Ambiental (LICA), formado por profesores del departamento de Química y Edafología que desarrollan actividades de docencia, investigación y asistencia técnica en el campo ambiental.

En 2008 la Facultad puso en marcha el Máster en Investigación Biomédica.

En 2009, con la adaptación al "plan Bolonia", la Facultad comenzó a impartir los nuevos grados en Biología, Bioquímica y Química. La oferta docente de grado de la Facultad se completó en el curso 2014/15 con el grado en Ciencias Ambientales

En 2014 fue nombrado decano Luis Montuenga, catedrático de Biología Celular en las facultades de Ciencias y Medicina, e investigador senior en el Cima Universidad de Navarra.

En 2016 se celebró la Primera Lección José María Albareda, una iniciativa de la Cátedra Timac Agro-Universidad de Navarra. El primer invitado fue Avelino Corma, Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica en 2014.

En 2017, la Facultad presentó la iniciativa 'Women for Science and Technology'. Formada por profesoras, investigadoras y estudiantes, busca apoyar a las alumnas que deseen cursar carreras científicas, y visibilizar la presencia de la mujer en la ciencia.

En 2019, la Facultad comenzó a impartir el Máster en Métodos Computacionales en Ciencias.

En enero de 2020, la Facultad creó el Instituto de Biodiversidad y Medioambiente para abordar cuestiones clave sobre la naturaleza y el futuro del planeta. El centro está compuesto por más de 60 especialistas de diferentes áreas de investigación.

Desde su origen, la Facultad ha apostado por la divulgación científica como uno de sus pilares básicos. Ahora, junto al Museo de Ciencias, organiza diversas actividades, especialmente dirigidas a alumnos de centros escolares.