La Facultad de Filosofía y Letras comenzó en 1955 como Escuela de Historia. Las aulas se instalaron en la tercera planta del Museo de Navarra, que cedió la Diputación Foral.

Al frente de la nueva Escuela de Historia del Estudio General de Navarra estuvo Federico Suárez.

Once fueron los primeros alumnos de la Escuela de Historia (tres asistían como oyentes), para los que había cinco profesores.

El curso 1957-58 lo inauguró el profesor Antonio Fontán, recién incorporado a la Facultad. Terminados ya los dos cursos comunes, comenzó el primero de especialización en Historia, con nuevas asignaturas; y, por tanto, con nuevos profesores.

En 1960, la Facultad puso en marcha el Instituto de Artes Liberales, un centro semiautónomo dentro de la Facultad, cuyo primer director fue William Stetson, un profesor estadounidense. En su primer año de vida cursaron estudios en Artes Liberales trece alumnos.

En el curso 61-62 comenzó su andadura la sección de Filosofía de la Facultad. La iniciaron, entre otros profesores, Leonardo Polo, Joaquín Ferrer, Frederik Wilhelmsen, James Colbert, Jesús García, Patricio Peñalver, José Mª Martínez Doral y Wolfgang Strobl.

El 16 de noviembre de 1963 se creó la Cátedra de Lengua y Cultura Vasca, aunque sus actividades comenzaron unos meses después. Su primer director, invitado por el entonces decano Antonio Fontán, fue el sacerdote José Miguel de Barandiarán.

También en 1963 tuvieron lugar las primeras Reuniones Filosóficas, que trataron sobre "La nada". Desde entonces, este congreso internacional se ha celebrado todos los años, menos en 2003 y en 2020, a causa de la pandemia de Covid-19.

En 1964, la Universidad concedió por primera vez el grado de Doctor 'Honoris Causa'. Miguel Sancho Izquierdo recibió la distinción a propuesta de Filosofía y Letras. Desde entonces la Facultad ha sumado a otros 8 doctores honoris causa a su claustro.

En el curso 1964/65 se inauguró el edificio Central. Las clases de Filosofía y Letras se trasladaron allí.

Desde 1954, la Facultad ofreció cursos de verano a estudiantes internacionales para facilitar su conocimiento del idioma y la cultura. En 1964 esas enseñanzas se extendieron a todo el curso. Y en 1967 se creó el Instituto de Lengua y Cultura Españolas (ILCE).

En 1972 se celebraron las primeras Conversaciones Internacionales de Historia, cuyas actas se publicaron dos años después, en 1974. Trataron sobre ‘El método histórico’. A estas han seguido otras siete ediciones, en 1979, 1984, 1988, 1993, 1997, 2002 y 2010.

En 1975, la Facultad puso en marcha la sección de Ciencias de la Educación, que nació estrechamente unida al Instituto de Ciencias de la Educación (ICE), fundado 10 años antes como Instituto autónomo, dependiente del Rectorado.

En 1977, el departamento de Historia del Arte de la Facultad comenzó la elaboración del Catálogo Monumental de Navarra, junto a la Institución Príncipe de Viana y el Arzobispado de Pamplona. El proyecto estuvo dirigido por Concepción García Gainza.

La elaboración del Catálogo finalizó en 1997. Sus resultados se publicaron en nueve volúmenes, se elaboró una base de datos con su contenido y se digitalizaron todos sus fondos fotográficos, conformados por unas 40.000 fotografías.

En 1986 comenzó su andadura el Instituto Empresa y Humanismo. Junto a algunos hombres de empresa, lo impulsaron los profesores de la Facultad Alejandro Llano, Leonardo Polo, Rafael Alvira y Jaime Benguría. En el curso 2017/18 el Instituto se integró en la Facultad de Económicas.

En 1990, el profesor Ignacio Arellano fundó el Grupo de Investigación Siglo de Oro (GRISO), que reúne a 11 investigadores de la Facultad y a cerca de 40 miembros asociados de distintas universidades e instituciones culturales, españolas y extranjeras.

En 2001 la Facultad de Filosofía comenzó a ofertar dobles grados con Comunicación; y en 2015 se crearon los dobles grados con Derecho.

En 2005 la Facultad creó la Cátedra de Patrimonio y Arte Navarro, patrocinada por el Gobierno de Navarra. Su objetivo es poner al servicio de la sociedad el conocimiento del patrimonio navarro tras las décadas de estudio que cristalizaron en el Catálogo Monumental de Navarra.

En 2016 se puso en marcha el Club de Arqueología, para dinamizar los estudios sobre el mundo antiguo y la cultura arqueológica. En 2018 dio lugar al Diploma en Arqueología, dirigido por el catedrático de Historia Antigua Javier Andreu.

El 22 de enero de 2016, Violetta Dmitrenko defendió en la Facultad de Filosofía y Letras la tesis número 1000. La primera la había defendido Gerald Francis Lange en el curso 1963/64.

En 2017, la Facultad puso en marcha el Centro de Escritura del departamento de Filología, que busca potenciar el desarrollo de la competencia escrita de los alumnos mientras cursan sus estudios, a través de tutorías personalizadas y talleres.

La Facultad creó en 2018 el Laboratorio del Habla. Dotado de equipos de última generación, el Laboratorio estudia el nivel mecánico del habla y la relación entre el nivel superior y cognitivo del lenguaje y el nivel mecánico.

En 2020, la Facultad puso en marcha el Laboratorio de Humanidades Digitales, un centro interdisciplinar, docente e investigador. Busca aportar herramientas y conocimientos en el ámbito de la cultura digital, para el cultivo y difusión de las Humanidades.

En la última década, la Facultad ha ampliado su oferta académica con la creación del grado en Filosofía, Política y Economía (PPE), en 2018; y el grado en Lengua y Literatura Españolas, en 2022.

Seis décadas después de su puesta en marcha, la Facultad cuenta con más de 8.251 antiguos alumnos en más de 30 países.

El curso 2022/23, la Facultad ha ampliado también su oferta de posgrado con el Máster en Cristianismo y Cultura Contemporánea. El programa se imparte en el campus de Madrid y en su primera promoción cuenta con 40 estudiantes.