Cuando el cardenal Joseph Ratzinger (posteriormente papa Benedicto XVI) visita la Universidad para recibir el doctorado Honoris Causa, le impresiona la vocación interdisciplinar de la Universidad. A su vuelta a Roma, escribe una carta a Rectorado para agradecer la acogida en Pamplona. En ella le propone materializar en la Universidad una plataforma para promover el diálogo abierto a través de las humanidades, con el objetivo de buscar la verdad y trascender el relativismo. En ella apuesta por poner el foco en la dignidad de la persona frente a los condicionamientos culturales y políticos y en inquietudes de gran calado social.

En 2004, la Congregación para la Doctrina de la Fe -siendo el entonces cardenal Ratzinger su prefecto- se dirige a diversos centros académicos de todo el mundo -entre ellos, la Universidad de Navarra- para solicitar la colaboración en el estudio: “Evaluar la presencia de los contenidos esenciales de la ley moral natural en la sociedad contemporánea”. Posteriormente, en la apertura de curso, José María Bastero, entonces rector, anuncia la creación del Centro de Investigación en Ciencias Sociales y Humanidades con un fin: "Consolidar grupos operativos estables de carácter transversal que acometan proyectos de trascendencia científica y social. […] El propósito es disponer en esas áreas científicas de un centro multidisciplinar de excelencia investigadora, que dinamice la docencia y la tarea investigadora".

Se realiza una convocatoria de expresiones de interés de proyectos de investigación interdisciplinar en Humanidades y Ciencias Sociales. Se reciben 25 propuestas. Entre enero y julio de 2009, un comité externo internacional selecciona 9 proyectos que pasan a la segunda fase y que son evaluados según su calidad científica, grado de innovación y riesgo, experiencia del equipo, internacionalización, interdisciplinariedad, impacto socio-económico y capacidad de generar y atraer recursos.

En enero de 2010 se lleva a cabo un concurso para la elección del nombre y en marzo se crea oficialmente el centro. Se ponen en marcha los primeros proyectos: ‘Cultura emocional e identidad’, ‘Discurso público’, ‘Educación de la afectividad y de la sexualidad humana’, ‘El abandono de la figuración en las artes contemporáneas’, ‘Fronteras y cultura’, ‘Ley natural y racionalidad práctica’, "Mente-cerebro’, ‘Religión y sociedad civil’ y ‘Centro de Desarrollo Internacional’. Asimismo, se incorporan los investigadores principales de los proyectos y se empiezan las investigaciones

Se incorpora un nuevo proyecto, el ‘Programa ATLANTES: dignidad humana, enfermedad avanzada y cuidados paliativos’. ATLANTES se desarrolla bajo la hipótesis de que es posible promover en la sociedad y en la medicina una mentalidad positiva en lo que se refiere a la atención y cuidado de los pacientes con enfermedad avanzada e irreversible.

Se realiza la primera evaluación trienal del centro. Entre septiembre y noviembre de 2013 tiene lugar el "roadshow" para presentar el ICS en siete ciudades españolas: Pamplona, Sevilla, Vigo, Barcelona, Madrid, San Sebastián y Valencia.

Inauguración de la nueva sede, ubicada en el ala este de la Biblioteca de Humanidades. Se pone en marcha el proyecto 'Creatividad y herencia cultural'. En él se promueven proyectos orientados a investigar y difundir distintos aspectos del legado histórico y cultural, con un especial foco en Navarra y su proyección hacia otros territorios.

Se pone en marcha el proyecto 'Jóvenes en transición'. Busca un entendimiento más profundo de los retos a los que se enfrentan los jóvenes de hoy durante la transición de la adolescencia a la edad adulta.

Con el fin del tercer trienio del ICS, se realiza una evaluación del centro tanto interna como externa, con expertos internacionales. Pablo Pérez, catedrático en Historia, es nombrado director científico del ICS en sustitución de Ana Marta González que continuaría como investigadora principal de ‘Cultura emocional e identidad’

El ICS celebra su X aniversario con una campaña de visibilización que incluyó el diseño de un nuevo logo, un vídeo y un folleto informativo y una exposición itinerante que visitó los diversos edificios de la Universidad para dar a conocer el trabajo del centro durante la primera década. Se crea la Cátedra Álvaro d’Ors de Derecho, Cultura y Sociedad fruto de un acuerdo entre el ICS y la Fundación Ciudadanía y Valores. La REDWINN (Red Iberoamericana de Innovación y Formación para Fortalecer el Impacto Femenino en los Ecosistemas de Innovación) se incorpora al ICS para visibilizar referentes femeninos a través de la investigación, el impulso a la innovación, la formación y la divulgación.

Se pone en marcha el Reto ICS 22-23 “Jóvenes, relaciones y bienestar psicológico” con el objetivo de estudiar el bienestar psicológico en la adolescencia y juventud. El reto es un tema de investigación y divulgación que pone en diálogo a distintos proyectos del centro y colaboradores internacionales.
Asimismo, se instaura el ‘Centro Humanismo Cívico para estudios sobre el carácter y la ética de las profesiones’ gracias al apoyo de la Fundación Ciudadanía y Valores. Por último, los grupos ‘Cultura emocional e identidad’ y ‘Creatividad y herencia cultural’ se fusionan bajo el nombre ‘Vínculos, creatividad y cultura’.

La Universidad firma un convenio con IDEA para desarrollar la Cátedra IDEA de Nuevas Longevidades. Busca identificar las necesidades de cuidado de mayores con el fin de diseñar modelos de prestación de servicios sostenibles, así como analizar el significado de esta fase de la vida humana a través del concepto ‘envejecimiento significativo’.