El programa consta de una parte común para los diversos centros educativos y de una parte específica que corresponde a cada uno de ellos. Cada curso se realizan dos reuniones de coordinación entre los centros educativos y la Universidad donde se fijan, entre otras tareas, las fechas clave y la temática de las jornadas del curso siguiente. 

Se considera que la perspectiva humanista, tanto científico-tecnológica como ética, es la que mejor permite comprender el entorno social, así como desarrollar las capacidades intelectuales propias de profesionales responsables y ciudadanos comprometidos. Además, el Programa Excellence proporciona a los alumnos un alto nivel en competencias universitarias, de modo que puedan afrontar sus estudios universitarios desde una posición ventajosa.

Al final del programa se otorga al estudiante un certificado, expedido conjuntamente por la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad de Navarra y el centro educativo, en el que se detallan las actividades en las que ha participado, que puede ser incluido como mérito en el currículum vitae.