Bóvedas, impostas y vidrieras

De conformidad con el proyecto de Ochandátegui, las ventanas de los lienzos del crucero fueron suplantadas por óculos, ornamentados con el motivo neoclásico de palmas entrecruzadas, símbolo de martirio; este elemento se repite a su vez en las paredes de los rincones angulares, que aparecen cubiertos por aristas. Las bóvedas de medio cañón presentan la característica decoración neoclásica de casetones, de evocación vetero romana. Y el intradós de los cuatro arcos torales se ornamenta con besantes. Las impostas que recorren el perímetro de la fábrica presentan una primera banda de ovas, inmediatamente debajo de la cornisa quebrada, y una segunda banda, de modillones rectangulares o mútulos. Muy posteriores son las vidrieras que decoran los tres óculos del testero, con los temas del bautismo, interrogatorio y martirio de San Fermín; y las facetas de las ventanas de la linterna, donde se combinan las figuras del santo titular y de los santos Honesto, Saturnino y Francisco de Javier, con motivos heráldicos propios de la Ciudad y del Cabildo catedralicio pamploneses. Obra de los talleres de la casa Mayer y Compañía, con sede en Munich y Londres, los vitrales fueron emplazados en 1886.