Torre del homenaje y primera camisa

La torre del homenaje o de San Miguel, centro del actual castillo, se concibió y construyó en la segunda mitad del siglo X como una torre aislada, de planta rectangular. En su base se sitúan grandes sillares alargados (que llegan a medir más de un metro), dispuestos a soga y tizón (alternando posiciones longitudinales y transversales), que está presente en edificios coetáneos de otras zonas de la España cristiana (Aragón, Soria), pero que responde a técnicas constructivas musulmanas. La torre, que rondaba los 20 metros de altura, tenía hasta cuatro niveles por encima del suelo rocoso, articulados mediante estructuras de madera. El acceso no se realizaba por planta baja, sino por una puerta situada en el tercer nivel, a la que se accedía por una escala. El grosor del muro disminuía conforme aumentaba la altura. La torre fue reducida a su mitad en 1516 y reconstruida a mediados del siglo XX.

En el siglo XI una construcción en forma de camisa envolvió la torre del homenaje por tres de sus flancos, dejando al descubierto únicamente su flanco norte. En planta baja se sitúan dos estancias. Al oeste se encuentra la capilla de San Miguel, considerado patrono del Castillo, representado por una talla policromada del siglo XVIII. A sus pies cuelga una copia del Crucificado de Velázquez.

En el lado este se sitúa una estancia llamada Cuarto del Santo, porque según una tradición familiar de los condes de Javier (no testimoniada antes del siglo XIX), en él residió san Francisco Javier antes de su marcha a la Universidad de París (1525). Cuenta con dos lienzos del santo de la segunda mitad del siglo XVII y otro de la Virgen con un el Niño de un siglo anterior.