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Destaca como impulsor de la reforma renacentista del templo el arzobispo de Zaragoza don Hernando de Aragón y Gurrea (1418-1575), uno de los personajes más destacados del siglo XVI en Aragón como político, mecenas y hombre de Iglesia. Gracias a su intervención como visitador general del Cister su influencia también llegó a tierras navarras llevando a cabo, gracias a su ayuda económica, la reconstrucción de la bóveda, siendo uno de los más bellos ejemplos del entorno. Estas reformas se realizaron bajo el abadiado de dos destacadas y carismáticas mujeres, cuyas gestiones para recaudar fondos para las obras fueron decisivas; Doña María de Beaumont y Navarra (1547-1559) y doña Ana Pasquier de Eguaras (1559-1573). La primera pertenecía al noble linaje de los Beaumont y Navarra, hija del Condestable de Navarra y tercer miembro de la familia que ocupaba el abadiado del monasterio en aquel siglo. La segunda, era hija de los señores de Barillas, distinguida y rica familia residente en Tudela con gran vinculación con la Orden del Cister en la que ingresaron varios de sus miembros.